Как правильно добавить субконто для 90 счета?

я подобное делал.
Пришлось изменить типовую конфигу и обновлял уже я сам потом изменённую. Что делал:
1.добавил субконто Подразделения на 90й
2.Добавил в документы по выручке реквизит Подразделение. Бухгалтера его заполняли. Но пришлось в модуль соответсвующие изменения внести.
3.Создал самописный документ "Закрытие счетов затрат". Там я закрывал 26, 20 на 90й с соответствием подразделений. (если используется 44й счет то там надо думать тоже, либо вводить подразделение, либо на одно какое-то закрывать, например, на коммерческий отдел)
4. Ну и закрытие месяца типовое они потом уже делали, убирая галочки с закрытия затратных счетов.
Форма 2 бух.баланса нормально формировалась.

В справочнике Виды Номенклатуры организовали папки по названию подразделений, внутри папок - номенклатуру,связанную с данным подразделением. При формировании ОСВ поставить галочку "группа". Попробуйте,может быть устроит этот вариант.