Обмен данными УТ 8.1 и Бухгалтерия 8.1

Пусть артукул пишут в характеристиках. В любом случае есть же некоторыей параметр, по которому они товары один от другого отличают.

Я попробовала артикул писать в характеристиках, выгружается так же в бухгалтерию только одно наименование, хотя артикул в характеристиках разный!

Так у Вас номенклатуры это должен быть один элемент, а остатки в УТ распределены по нескольким характеристикам (в вашем случае в роли характеристики будет "артикул"). После загрузки в БП товародвижения вся аналитика свернется в один элемент справочника номенклатуры. Например:
Продаем товар "Товар 1", хар-ка "0001" - 3 шт и "Товар 1", хар-ка "0002" - 5 шт. После переноса в БП в документе реализации будет присутствовать только одна строка "Товар 1" - 8 шт.

Так в этом то и дело, что в документе реализации БП  в проводках этого документа сумма товара будет считаться по среднему, а мне надо, чтобы не по среднему, а в проводках отображалась закупочная цена(себестоимость). См. самое сообщение.

Зачем в БП нужна такая точность расчета себестоимости?

Для отчетности бухгалтерии, так им нужно.

Тогда нужно узнать более подробно что это за отчетность и где она применяется. С Вашей же стороны можете посоветовать им:
1) Получать отчетность из УТ.
2) Объяснить бухгалтерам, что типовая БП не предназначена для ЭТОГО (или несколько одинаковых по смыслу элементов справочника номенклатуры, или заведение доп. субконто "Характеристика" по всем номенклатурным счетам и переделка 80% программы).
3) Перейти на УПП, где ничего никуда переносить не нужно.

переходить на УПП не нужно. из-за 10ти наименований ставить УПП это нонсенс.