чистка остатков

Можно изменить. Но тоже только в течении определенного времени.

Проверка. Изменил.

Да я ошибся, все по аналогии с удалить, можно, но в течении некоторого времени!

Посуществу дела. Смотря какие остатки вам не нравятся. Какими документами формируются движения по этим регистрам и соответсвенно в этих документах можно и подсмотреть какие регистры еще нужно править и чтодолжно быть заполнено в реквизитах.
Без головы в этом вопросе уж точно никак не обойтись

Спасибо за ответ. Т.е. мне нужно документ за документом смотреть что и сколько когда списывалось? И соответственно править регистры, по которым проходят данные документы?

Практически "Да"
Что-то же вам не понравилось в остатках. А остатки это Начало + Приход- Расход, если с началом все нормально, то значит вам не нравится либо приход, либо расход. А приход и расход формируется соответсвующими документами, вот и нужно выяснить виновника, понять причину, а главное определится как должно быть правильно и можно ли как-то автоматизаровать процесс по исправлению данной ошибки
А дальше дело техники. Удачи