Конфигуратор (?) не работает

Базы одинаковые иди разные? В смысле конфигурации?

Три УСН, две Общих

в общем, в Касперском 8(2009) надо зайти в контроль приложений и поставить там все галочки разрешений у 1cv77.exe. На 7м Касперском таких глюков не наблюдается.

А у вас в Винде не включен какой-нибудь увеличенный шрифт или специфическая тема?
Просто в стандартных конфигурациях обычно все нормально с видом - компактно. А вот когда изменаяется размер шрифта (любым методом), то элементы форм начинают вести себя не предсказуемо.