поиск и отбор документов

> но пока не могу правильно сформировать эту мысль...
а как бы ты их отличал при "ручной" пометке?

я сравниваю оборотку в рабочей базе и в тестовой, вижу расхождения, открываю карточку счета в рабочей и в тестовой, вижу что в тестовой появился "лишний" документ - отменяю его проводку. И так с каждой позицией номенклатуры... Самих документов не много - 2-4 штуки на одну позицию... может вообще и не быть таких... самих позиций номенклатуры очень много...

по конкретному регистру, например документ - "оприходование товаров", регистр накопления - "партии товаров на складах"

Вы сначала выясните для чего эти документы используются
> "Эти документы, как правило, выступаю как ссылки в измерениях необходимых регистров по остаткам.
Потому как если для ввода остатков (что-то я сомневаюсь) - то отбор какие документы перепроводить это дата.
Для ввода остатков как раз и используют  документ "Оприходование товаров" , который формирует движения по всем  необходимым регистрам.

P.S. Можете показать документ "Оприходование товаров"

Вы-то сами пользователь или программист? Если можете сами написать обработку то можно , наверное, найти такие доки по Документ.Метаданные().Движения.

Так тогда еще надо проверять на количество записей в наборе регистра