в режиме конфигуратор не сохраняются изменения(

причем при написании того же
сообщить("открыт документ")

в документе "начислении з/п" он мне выводит сообщение, и все нормально выводит

конечно, и отладчик /предприятия из конфигуратора открываю

Вверху модуля там не написано:
#ЗагрузитьИзФайла .\<имя файла>.txt
?

Да, такое есть, т.е.

#ЗагрузитьИзФайла Pensia.txt


получается этот модуль береться из файла? и нужно дописывать txt файл?

Да. Или вставить текст из txt файла в модуль объекта или заремкать данную строку и система станет использовать алгоритм модуля, который есть ниже (если он есть, конечно).
Плюсы выноса алгоритма в txt файл и использования данной конструкции: возможность менять алгоритм не выгоняя пользователей из системы.
Минусы: усложненная отладка.
P.S. Я никогда не использую этот прием, но встречал его много раз.

Спасибо большое,очень помогли, столкнулся с этим в первые, теперь буду знать!