НДС учитывается в стоимости и книга покупок

Бухгалтерия 3.0
В учетной политике указан раздельный учет НДС, в параметрах учете стоит флажок учет НДС по способам учета.
Вводим документ Поступление товаров и услуг - НДС учитывать в стоимости, на основании документа Поступление вводим Счет Фактура Полученный.
Счета Фактуры, где НДС учитывается в стоимости, не попадают в книгу покупок. Правильно ли это? Как налоговая будет проверять НДС?