В БП 3.0 всё не так.
В плане счетов есть 44.01 "Издержки обращения в организациях, осуществляющих торговую деятельность" и 44.02 "Коммерческие расходы в организациях, осуществляющих промышленную и иную производственную деятельность".
У обоих счетов есть субконто "Статьи затрат".
В форме "статьи затрат" есть переключатель с тремя позициями:
1. по деятельности с основной системой налогообложения (ОСНО или УСН)
2. по отдельным видам деятельности с особым порядком налогообложения (ЕНВД, например)
3. по разным видам деятельности.
Расходы ВСЕ отправляете на 44.01, но по разным статьям затрат. И у этих статей затрат указанный переключатель может стоять по разному. В результате получаем расходы, которые целиком учитываются только для УСН, отдельно расходы, относящиеся только к ЕНВД, и расходы распределяемые между видами деятельности. При закрытии счета 44.01 1С закроет расходы соответственно видам деятельности, а распределяемые, поделит между видами деятельности пропорционально выручке от разных видов деятельности.
Удачи.