лучше переходить на автоматическое формирование с начала года, разрезав базу на прошлогоднюю и новую. В новой базе следует сформировать начальное сальдо посчетам автоматического расчета НДС (ЗПК). Что касается автоматического расчета НДС по расчетам в у.е. с расчетам суммовых разниц, так разделение баз нужно сделать обязательно. В течении года автоматический учет вводите по новым контрагентам, по прежним, если объем расчетов невелик, пересчитайте книгу покупок с начала года, если вы все делали правильно, от пересчета суммаы НДС не должны измениться. Менять договора не нужно, иначе будет путаница в расчетах, если решили пересчитать, то ставьте галочку и перепроводите все документы по данному контрагенту. Советую в процессе ведения учета контролировать сальдо по забалансовым счетам автоматического расчета НДС (ЗПК).