средний заработок в начислении отпуска

Почему не попадают в расчет доплаты внесенные документом "ввод расчета сотруднику"

Какие доплаты? Указали, что они используються при расчете среднего зароботка, т.е. входят в базу среднего?

Где указать?

Справочники - Расчет зарплаты - Виды расчетов - Начисления - Отпуск очередной (их там несколько - просмотри те которые нужны) - База - в правое окно внеси с помощью стрелки ">" из левого окна то начисление по которому проблема - сохранись и проверь через расчет.