не считает НДФЛ

Скорее всего, типичная ошибка для Бухгалтерии 7.7 (если у Вас она). В конфигурации есть такой "вредный" забалансовый счет ДФЛ. Он очень критичен к последовательности проведения документов. Практически он требует неявного восстановления последовательности документов, состоящей и Начисления зарплаты и Закрытия месяца (налоги и отчисления с ФОТ).
Процедура такая. Сначала за месяц вводите и последовательно (обязательно последовательно начиная с первого по времени!!!) проводите все документы Начисление зарплаты за месяц. Затем проводите Закрытие месяца (по налогам с ФОТ). После этого строго последовательно переходите к следующему месяцу. И точно также строго последовательно проводите документы Начисления зарплаты. Потом -  закрытие месяца (с ФОТ) и потом - также следующий месяц. И т.д. Только последовательно и помесячно! Следите, чтобы после документа Закрытие месяца (с ФОТ) не было уже в этом месяце документов Начисление зарплаты.
Обычно, этого достаточно, чтобы зарплата "встала на место". Если перепроведете какие-то документы по зарплате "задним числом", то с момента вмешательства в этой последовательности перепроведите документы.

Всё гениальное просто. у меня была та же проблема. восстановила последовательность и всё отлично! Спасибо за умную мысль!!!