Как учитывать денежные переводы в пути?

Ситуация такая: кассир пробивает деньги по кассе,отдает директору для пополнения р\с. Директор сдает деньги в банк только через 2-3 дня. Как с этим быть?

Через сч.57, как по-другому?
Или заставить директора в банк во-время ездить (не в тайге случаем филиал?)

Это даже не филиал,банк через дорогу!
Проводки надо полагать такие:
1)Дт57,1-Кт50,1  Деньги отдали
2)Дт51-Кт57,1   Деньги поступили на р\с

Абсолютно такие.

Вот только надо будет доказать, что деньги действительно в пути! Если банк через дорогу, то будет трудно. Вы ведь деньги отдали не инкасаторам, своему сотруднику пусть и директору, и он должен был сдать их в тот же день в банка, а так это получаеться он пользуется деньгами. Мне как кажеться это вообщем то подотчетные деньги, а не деньги в пути

И туда можно. Но все же можно и через 57 счет, это не обязательно должна быть инкассация.

Да и проверку кассы осуществляет преимущественно банк, а доказать ему не трудно свою правоту.

Здесь однозначно только 71сч. 57 сч используется только при:
Счет 57 "Переводы в пути" предназначен для обобщения информации о движении денежных средств (переводов) в валюте Российской Федерации и иностранных валютах в пути, т.е. денежных сумм (преимущественно выручка от продажи товаров организаций, осуществляющих торговую деятельность), внесенных в кассы кредитных организаций, сберегательные кассы или кассы почтовых отделений для зачисления на расчетный или иной счет организации, но еще не зачисленные по назначению.
Основанием для принятия на учет по счету 57 "Переводы в пути" сумм (например, при сдаче выручки от продажи) являются квитанции кредитной организации, сберегательной кассы, почтового отделения, копии сопроводительных ведомостей на сдачу выручки инкассаторам и т.п.
Движение денежных средств (переводов) в иностранных валютах учитывается на счете 57 "Переводы в пути" обособленно.

Может и налоговая затронуть и посчитать НДФЛ директору за пользование деньгами

Не может. Надо Установить в учётной политике срок отчетности по суммам, выданным в подотчет – 30 дней с момента выдачи, можно и больше. И так же прописать, кому конкретно можно выдавать деньги под отчет.