Как правильно выставлять сч.-фактуры?

> И мы действительно платим дважды НДС

Ну с чего Вы это взяли? И при чем здесь "следующий период"?

И при чем здесь исчисление НДС и собственно оплата налога?

Получили аванс - выписали СФ на аванс - увеличился НДС в уплате в бюджет.

Сделали отгрузку - выписали СФ (и запись книги продаж - по отгрузке) на сумму отгрузки. Но при этом аванс зачитывается и на сумму зачтенного аванса Вы оформляете запись книги покупок, НДС с этой суммы уменьшает сумму налога к уплате.


> или в этом же квартале переносим сч.-фактуру из кн. продаж в кн. покупок?

Что за термины Вы используете? Кто куда СФ переносит? Нет такого ничего.

СФ на аванс сама является записью книги продаж. На основании СФ на отгрузку делается запись книги продаж. На сумму зачтенного аванса на основании СФ на аванс делается запись книги покупок.

В 1с это можно делать вводя документы вручную (на основании) или установить в договоре флажок автоформирования записей книг покупок-продаж и используя регламентные документы автоматического формирования книг покупок-продаж.

Чтобы не повторять здесь своими словами уже давно вполне толково описанные вещи, Вам совет: внимательно перечитайте описание типовой конфигурации Бухгалтерский учет.

> ... установить в договоре флажок автоформирования записей книг покупок-продаж ...
Это есть в 1С Бухгалтерия 8.1 ?

Флажок в договоре? Нет.