Вот такой вопрос по поводу НДС

клиент оплатил услуги,мы должны его подключить к базе, но  в платежке указал НДС не облагается, хотя счет,по которому он оплачивал, все есть. что делать?

Взять с них письмо, что в назначение платежа считать то и то

а если это физ лицо, платили через банк? и скажите может есть какая нибудь ссылка?

При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг).
Это НК. Нигде не сказано,что если в п/п не указан НДС, то вы его не начисляете. А если это физлицо, то ему и сч/ф не выставляется, а делается просто запись в книге продаж. И чего Вы боитесь: того что начислите НДС и уплатите его. Конечно за это Вас оштрафуют.

почему?? документы акт и сч.-ф отдаем.а в п.п он указал, что НДС НЕ облагается.я думаю ведь ничего страшного такого не будет, если я документы и все остальное сделаю ,как полагается.

Он зарегистрирован как ИП? Тогда делаете все документы, а если это розничный договор купли-продажи, то ни ТН, ни сч/ф не нужны. Просто делается запись в книге продаж и всё. При таком договоре выдаётся товарный чек.
Статья 169. Счет-фактура

1. Счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг), имущественных прав (включая комиссионера, агента, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени) сумм налога к вычету в порядке, предусмотренном настоящей главой.
(в ред. Федерального закона от 22.07.2005 N 119-ФЗ)
Вы же начисляете НДС не по п/п, а по сч/фактурам.