ЗИК, 2.3 релиз287 вычеты по НДФЛ

Сотрудник уволился 15 мая. на момент увольнения льгота по НДФЛ осталась, соответственно при начислении НДФЛ становится на минус (341,55-1400*13%=-138)Минусовой НДФЛ надо лисправить или оставить так и при выдачи заработной платы 138 рублей прибавлять к остатку?

Не очень понятно.. Вы уже рассчитали человека? Деньги ему отдали? И что, он за 15 дней заработал 341 руб?
По НДФЛ просто создайте документ "Возврат НДФЛ" и ведомость выплаты.

> Сотрудник уволился 15 мая. на момент увольнения льгота по НДФЛ осталась


А вычеты по НДФЛ при увольнении закрыли?

Вычеты по НДФЛ закрыты 15 мая (днем увольнения)