Счет и счет-фактура выставлены от филиала и головной соответственно.. Как быть с учетом?:(

Добрый День!
Ситуация следующая:
Поставщик оказывает услуги связи. Счет фактура выставлена от лица головной организации, акт и счет от регионального отделения. Оплату мы производим согласно счета, то есть на регианальное отделение.. Таким образом суммы по Дебету и Кредиту висят обособленно... Подскажите пожалуйста как правильно "пересечь" эти две суммы... Главный бухгалтер говорит путем корректировки долга... Но случай оказания услуги не единоразовый.. Мне это кажется не совсем верным... Может кто сталкивался...
Заранее спасибо!