перечисление ндс в бюджет

обособленное подразделение организации арендует у унитарного предприятия помещение, находящееся в мунициальной собственности. Со стороны арендодателя фигурирует унитарное предприятие. Кто должен перечислить ндс в бюджет с арендной платы?

Это зависит от того, кому предъявлен счет на аренду-головному предприятию или обособленному. От этого, кстати, зависит где Вы будете отражать расходы на аренду. В общем, смотря кто несет расходы по аренде, тот и перечисляет НДС в бюджет. Всё равно в конечном итоге эти операции попадут в консолидированный отчет по предприятию в целом.