Оригинал документа

являясь филиалом, наша организация передает все оригиналы документов (с/ф, ТТН, акты) выписанные на филиал, в головную организацию, оставляя у себя лишь ксеропии, подскажите правильно ли это?

Ответ зависит от того, имеет ли филиал отдельный баланс и расчетный счет. А так же находятся ли филиал и головная организация на территории одного налогового органа или разных.

филиал находится на отдельном балансе, имеет р/с, в разных налоговых

В таком случае документы все таки должны находиться в филиале. Есть у МНС методичка по проверке организаций, имеющих филиалы. Так согласно этой методичке проверку деятельности филиала должен производить налоговый орган, в котором филиал стоит на учете (с последующей пересылкой акта проверки в тот налоговый орган, в котором стоит на учете головная организация). А при проверке они затребуют оригиналы документов.