Выплата зарплаты через банк

Вы хоть в ЗУПе то работали? Схема:
1)Начисление з/п (на всех разом, к примеру),
2) Зарплата к выплате: указываете в банк, программа туда собирает все сотрудников из этого банка
3) ППИ (на всех из Зарплаты к выплате)
4) выгрузка ППИ в клиен банка.
Что ещё вам хотелось бы автоматизировать?

Если в разных - да, несколько контрагентов.

Честно говоря вопрос наверно такой: чтобы в ЗУПе формировать несколько платежных поручений, необходимо несколько платежных ведомостей (по каждому работнику). Можно у Вас спросить - это корректно?

Несколько платежных ведомостей - корректно. Но каждый работник в отдельном банке - это какой то кошмарный сон бухгалтера.

Да, абсолютно с Вами согласен. Но на как я понимаю (проверил полностью весь процесс вплоть до выгрузки документов в бухгалтерию и дальнейшей выгрузки платежек в клиент банк) по другому не получится.

Скорее - отдельный контрагент (в виде банка) на каждого работника.