Как правильно сторнировать приход товара

это 7-ка! Списание "по средней", в момент проведения отгрузки. А какая разница в ед.измерения?

Большая. Если каждую партию товара приходывать следующим образом - вместо общего договора пишем накладную поставщика и по ней потом оформляем расход - партионный учет получится.
Допустим я купил 2 партии угля - по 1000 тонн. У поставщиков на разных разрезах себестоимость разная. Я оформляю их отдельно - в учетной политике пишу что товар списывается по единице приобретения - и у меня нет проблем. То же самое со штучным товаром. Я купил у одного покупателя 10 грузовиков одной марки но разные по годам - я их оформляю разными договорами и опять при списании у меня нет проблем. Из вопросов просто не видно чем люди торгуют -
если там семечками или спичками - то да))))

торгуем нефтепродуктами, ед.измерения кг

в 7-ке, чтобы реализовать способ "по цене приобретения" (а фактически по себестоимости каждой единицы), надо на одинаковый товар, но по разной цене заводить новый элемент справочника товаров. Вряд ли кто это будет делать добровольно, а обязаловка только по драг металлам и еще чему-то!

Нефтепродукты же не ведрами приобретаются - там достаточно большие объемы на партию - почему бы и не завести разные субконто. А также завести папку проданные товары - и при обнулении партии переносить субконто туда.
А если у меня жд тариф допустим на экспорт или для внутреннего потребления отличается почти в два раза - я искусственно при списании по средней занижу прибыль по экспорту и увеличу по продаже на Россию - оно мне надо?

Если это оправдано и осознано, то кто против? А жд тариф тоже в штуках?

В тоннах на партию. Через 15.