Это не верная цена. Если вы используете вариант "по количеству", она берется с потолка (из документа установка цен). А когда есть данные о количестве и стоимости на складе - берется верная цена расчетным путем.
Цена в инвентаризации ни откуда не может браться кроме как со счетов учета. Но там есть еще реквизит "ЦенаВРознице", который заполняется по типу цен, установленному для склада (если этот склад является НТТ).