Задвоение в плане видов расчета

а на этапе замены объектов - все проходит гладко? после первой замены запускали еще раз "поиск и замену", все те же самые ссылки остались?

Запускала ПОИСК И ЗАМЕНУ несколько раз, после обработки выдается сообщение об успешном завершении.
Но запускаю снова поиск ссылок - они остались.

удаляй по частям! И потом проверяй.

у вас хоть одна ссылка ушла? потому что, если нет, то я в порядке бреда предположу, что вы меняете в.р. на себя же.

Попробовала удалять по одной ссылке. Ни одна ссылка не ушла.
Экспериментирую с Оплата больничных листов за счет работодателя.
Все ссылки - из в.р. основные начисления организации и удержания организации.
Зашла в план видов расчета, нашла один из в.р., который ссылается на Оплата больничных листов за счет работодателя,
Ссылка стоит в вытесняющих видах расчета, попробовала удалить - программа ругается.
Попробовала добавить, а затем удалить в.р.№2 Оплата больничных листов за счет работодателя(дубль) - и добавление и удаление программа разрешает сделать.

дурью маешься. Ещё раз - тот, который программа в принципе удалить не позволяет, не трогай. Другой пометь на удаление, чтобы отличать.
В обработке поиск и замена тот, что помечен на удаление, должен быть слева, тот, что не помечен - справа. Удаляй по нескольким документам.

стоп, я запуталась. В вытеснении стоит тот в.р., который программа не дает удалить из-за идентификатора, так? Если нет, то как программа ругается точно?

"В обработке слева ставлю тот, что помечен на удаление. Жму НАЙТИ ССЫЛКИ - ссылок нет.
Обработка УДАЛЕНИЕ ПОМЕЧЕННЫХ ОБЪЕКТОВ. Жму КОНТРОЛЬ. В.р. помечается слева зелёной галкой - удалять можно.
Жму УДАЛИТЬ. Сообщение : Удалять элемент "Оплата больничных листов за счет работодателя" запрещено.
Жму ПОДРОБНО. Сообщение :
Ошибка при выполнении обработчика - 'ПередУдалением'
по причине:
{ОбщийМодуль.ОбщегоНазначенияЗК.Модуль(449)}: Удалять элемент "Оплата больничных листов за счет работодателя" запрещено.
Предлагается закрыть/перейти в Конфигуратор/Завершить работу.
В Конфигураторе ссылается на процедуру :
Процедура ПередУдалениемОсобогоЭлементаПроверкаВозможностиВыполнения(Источник, Отказ) Экспорт
 
Если Отказ Тогда
 Возврат;
КонецЕсли;

Если ЗначениеЗаполнено(Источник.ИдентификаторЭлемента) Тогда
 ВызватьИсключение("Удалять элемент """"" + ОбщегоНазначения.ПолучитьПредставленияОбъектов(Источник.Ссылка) + """"" запрещено!");
КонецЕсли;

КонецПроцедуры"

>тот, который программа в принципе удалить не позволяет, не трогай. Другой пометь на удаление

Как раз удаляю тот, на который программа не ругается. Расписала подробно все действия чуть выше.