рубль обычно происходит из-за округлений (или пересорта по источникам/косгу)
скажу крамольную вещь мелким шрифтом: если есть уверенность, что сотрудник не уволится после отпуска и у него еще будет облагаемая база в налоговом периоде, то я бы этот рубль удаляла.