Все дело в регистре "Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ", смотрите колонки ОКТМО/ КПП, если в течение одного налогового периода значения в этой колонке не совпадают, происходит задваивание по конкретному периоду. Например, у нас бухгалтера в 2014 году перепровели пару документов из 2013, колонка ОКТМО/КПП до 2014 года заполнилась в некоторых записях регистра, а в других осталась пустой, соответственно в разрезе ОКТМО он начинает задваивать. Это что касается "Задваиваний после обновления". Тоже самое может быть с ОКАТО/КПП, просмотрите эти колонки, проанализируйте. Типовой отчет работает правильно. Проблема решается перепроведением документов.