Если речь про ред. 3, то нужно пройти "Настройка" - "Организации" - открыть нужную - Закладка "Уучетная политика" - гиперссылка "Учетная политика" и посмотреть что там выбрано в п. "Применение стандартных вычетов". Скорее всего стоит "Нарастающим итогом...". Переключите на "В пределах месячного дохода" и пересчитайте НДФЛ.