Факт нарушения контрагентом налогоплательщика своих налоговых обязанностей сам по себе не является доказательством получения налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды. Об этом сказано в письме Минфина России от 03.02.2010 № 03-02-07/1-38.
На основании материалов арбитражной практики финансовое ведомство делает вывод, что обстоятельствами, свидетельствующими о необоснованной налоговой выгоде, могут, в частности, являться отсутствие регистрации контрагента в ЕГРЮЛ, регистрация контрагента по адресу массовой регистрации, ликвидация юридического лица в принудительном порядке, непредставление в налоговый орган контрагентом налоговой и бухгалтерской отчетности (представление отчетности с нулевыми показателями).
При применении рассматриваемого документа следует учитывать, что не все суды придерживаются указанной точки зрения. Например: в постановлении ФАС Московского округа от 13.04.2009 № КА-А40/2647-09 был сделан вывод, что тот факт, что контрагент организации представляет "нулевую" отчетность или не представляет ее вовсе, не свидетельствует о получении налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды. Аналогичный подход прослеживается и во многих других арбитражных решениях.