По мнению Минфина России, изложенному в письме от 03.06.2009 № 03-11-06/3/154, налогоплательщик ЕНВД обязан встать на учет в налоговом органе по месту ведения предпринимательской деятельности или по месту нахождения организации (по месту жительства индивидуального предпринимателя) даже в случае, если он уже состоит на учете в той же ИФНС по иным основаниям.
Если организация/индивидуальный предприниматель осуществляет виды деятельности, переведенные на ЕНВД, он обязан встать на учет в налоговом органе (п. 2 ст. 346.28 НК РФ):
- по месту осуществления предпринимательской деятельности (за исключением видов предпринимательской деятельности, прямо поименованных в пункте 2 статьи 346.28 НК РФ);
- по месту нахождения организации (месту жительства индивидуального предпринимателя) - по видам предпринимательской деятельности, указанным в подпункте 11, а также подпунктах 5 и 7 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) пункта 2 статьи 346.28 НК РФ.
Отсюда и вывод финансистов, что НК РФ установлена обязанность для организаций и индивидуальных предпринимателей встать на учет в качестве налогоплательщика ЕНВД в налоговом органе по месту ведения деятельности или по месту нахождения/месту жительства независимо от того, что организация или индивидуальный предприниматель состоит на учете в этом налоговом органе по иным основаниям.
Данная позиция расходится с точкой зрения Минфина России, изложенной ранее в письме от 24.04.2007 № 03-11-04/3/126, согласно которой "организация не обязана вставать на налоговый учет в качестве налогоплательщиков единого налога на вмененный доход в тех налоговых органах, в которых она состоит на налоговом учете по иным основаниям".