В конфигурации НДС сторнируется либо документом "Возврат от покупателя", либо документом "Сторно записи книги продаж".
Согласно пункту 5 статьи 171 НК РФ вычетам подлежат суммы налога, предъявленные продавцом покупателю и уплаченные продавцом в бюджет при реализации товаров, в случае возврата этих товаров (в том числе в течение действия гарантийного срока) продавцу или отказа от них. При этом указанные вычеты сумм налога производятся в полном объеме после отражения в учете соответствующих операций по корректировке в связи с возвратом товаров или отказом от товаров (работ, услуг), но не позднее одного года с момента возврата или отказа (п. 4 ст. 172 НК РФ).
Согласно письму Минфина России от 11.02.2000 № 04-03-03 возвращаемый товар должен отражаться сторнирующей записью в книге продаж.
Выдержка из письма:
" ... Что касается учета возвращенного товара в книге продаж у продавца, то, по нашему мнению, продавцу следует произвести исправительную запись в книге продаж для целей уменьшения суммы налога на добавленную стоимость, подлежащей уплате в бюджет. Такая запись производится как на основании первичных документов, полученных от покупателя (например накладных), так и на основании счета - фактуры, выписанного покупателем на возвращаемый товар. Кроме того, исправительная запись в книге продаж продавца может производиться на основании отметки о возврате товара, произведенной покупателем в счете - фактуре, полученном от продавца и возвращенном продавцу вместе с товаром..."