Заполнение строк баланса 140 - долгосрочные фин влож и 250 - краткосрочные фин влож.

В какую строку Баланса форма №1 вносить акции
в 140 - долгосрочные финансовые вложения
или
250 - краткосрочные финансовые вложения.
???
1С считает что в 250, при расшифровке строки регламентной отчетности видно что берется сумма со счета 58.1.2???

Все зависит от целей приобретения акций. Если приобрели с целью последующей продажи, то краткосрочные, т.е. 58.01.2
Если с целью участия в капитале другой организации, то долгосрочные, думаю не будет большой ошибки если отразите их в 58.01.1

Тогда получается, что с точки зрения 1С все акции это краткосрочные финансовые активы?

Ну исходя из того как формируется баланс в 1С8, получается, что так

Если почитать ПБУ, 94н, и правила заполнения баланса, получается что в 1С - ники ошиблись.

У нас такой же вопрос возник, но 1С-ников (как вы их назвали:-)  )переубеждать бесполезно и долго, мы сами внесли изменения в модуль баланса, хорошо, хоть форма внешняя!
Это лучше, чем нарушать ПБУ.

На данный момент в "Бухгалтерии предприятия 8" в справочнике "Ценные бумаги" нет аналитики, позволяющей разделить акции на краткосрочные и долгосрочные, поэтому все акции по умолчанию считаются краткосрочными. Перенести из краткосрочных в долгосрочные можно вручную непосредственно в балансе, для этого можно ввести корректировку для этих показателей в поле в нижней части формы баланса. Или учесть стоимость долгосрочных акций как паи - на счете  58.01.1.