может ли филиал оплачивать самостоятельно счета?

Добрый день!
Мы являемся юр.лицом, выставили счет на поставку товара на ООО "рога и копыта", оплатили счет скажем Новосибирский "Филиал ООО "Рога и копыта", просят в счет-фактуре указать плательщиком ООО "рога и копыта", хотя платежное поручение пришло от филиала. Насколько мне известно, выписываются документы на плательщика. Так же, насколько известно, филиал вообще не является юр. лицом и работает по доверенности
Вопрос в чем, как правильно сделать бухгалтерские документы?  

Татьяна Крайзберг, с\ф не "бухгалтерский" документ и там нет реквизита "плательщик". Филиал вполне может иметь свой р\с и платить с него за кого угодно. Но "покупателем" в с\ф должен быть тот, с кем у вас заключен договор на поставку.