Не списывается сч. 41.1

Компания закупила партию товара, часть из которого необходимо модернизировать, а часть товара реализуется без доработки.
Реализация немодернизированного товара отражена в 1С (Комплексная версия)следующим образом:
Модернизация товара отражена документом: Поступление (ОС, НМА, услуг) при этом не указывается количество и цена товара, указывается только сумма и номенклатура (так как затраты на модернизацию учитываются на 41 счете). Отражается след. образом:
Д 41.1 К 60.1
Д 19.3 К 60.1

Проблема в том, что при оформлении документа "Реализация" модернизированного товара не учитывается сумма доработки, а именно -  не списывается на Дебет счета 90.2.1 с Кредита счета 41.1.
Вопрос: как правильно отразить в 1С (Комплексная версия) факт модернизации товара, чтобы эта сумма включалась в себестоиость и списывалась при реализации товара?

p.s. Документ "Поступление (доп. расходы по ТМЦ)" не использувается, так как модернизируются не все преобретенные товары по данной накладной (а только часть)  

Правильнее, в твоем случае, использовать документ "Комплектация". Т.е. закупаешь "модернизацию" как ТМЦ и комплектуешь ее с исходным товаром.

Если такой вариант не устраивает, тогда разбей свою накладную на две части: модернизируемую и нет. Используй документ "Поступление (доп. расходы по ТМЦ)".

Если и такой вариант не устроит, тогда настраивай документ "Поступление (ОС, НМА, услуг)", чтобы сумма поступления добавлялась в регистр "Партии наличие".