бригадные наряды и расчет среднего

Почему бригадные наряды не включаются в расчет больничных и отпусков

Должны включаться. Может  у Вас кто-то правил базу по виду расчетов "оплата по среднему" и б/лист?

В типовой включаются.
Есть одна особенность, часы и дни из бригадного наряда не учавствуют в расчетах. В расчет среднего попадают данные из оплаты по тарифу, т.е. данные графика работы. Что не всегда правда, ибо нарядом могут внести совешенно другие цифры, отражающие реально отработанное время.