Признание расходов в Упрощенке

Согласно статьи 346.17 пункта 2 статьи 2 расходы по покупным товарам признаются затратами по мере их реализации. Однако какой-бы порядок признания расходов небыл-бы установлен на закладке Настройка, в сведениях об организации. Программа при заполнении Книги доходов и расходов , в графе расходов признает расход по оплате поставщику (по выписке).
Что делать?

Порядок признания расходов учитывается в момент проведения документов, а не при формировании отчета Книга доходов и расходов. Так что если вы поменяли в настройках порядок признания расходов то нужно перепроводить документы.