У себя на базе, я сначала удалил все записи из справочника Кладр. Потом в обработке ИмпортАдресныхКлассификаторов" убрал проверку на отметку региона и запустил импорт калсификатора. После повторого запуска обработки у меня появились регионы, закаченные из файла, отметил нужный и закачал класификатор по нему. Вот и все, да не забудь сохранить базу перед этим!