Как сделать из Старой базы полностью чистую!

Желательно что бы остались "Справочники"

Есть универсальные обработки по экспорту и импорту данных. Называются Export77.ert и Import77.ert. Из старой базы делаешь экспорт нужных справочников обработкой Export77.ert и в новую (чистую) импортируешь обработкой Import77.ert.

Или удаляешь все документы и операции из своей базы

Есть еще вариант, если база в DBF формате.
Сразу предупреждаю, метод нестандартный, требует проверки и доработки.
Создать чистую базу на основе старой конфигурации. (Загрузить конфигурацию в новый каталог)
Потом из старой конфигурации в новую скопировать нужные файлы
Например для комплексной я использовал следующий список.
1SUSERS.DBF
1SSYSTEM.DBF
1SCONST.DBF
1SBLOB.DBF
1SCORENT.DBF
1STOPER.DBF
1SACCS.DBF
SC*.DBF
Точнее можно посмотреть по файлу 1cv7.DD
Например в Торговле и Склад часть файлов будет отсутствовать.
Потом в папке новой базы нужно удалить все индексные файлы *.CDX
и в конфигураторе запустить тестирование и исправление с удалением ссылок на отсутствующие объекты (поскольку в справочниках при такой "хирургии" остаются ссылки на отсутствующие документы).

По времени это получалось быстрее чем удаление документов или перенос справочников средствами 1С.
Метод использовался для деления базы по периодам (год или квартал). То есть для нового периода создавалась новая база по вышеуказанному методу. Остатки переносили своими обработками.

Если клиент хочет оставить справочники. то SC*.DBF удалять ненужно, а в 1SCONST.DBF хранятся периодические реквизиты, есть еще файлы доков DH*.DBF и DT*.DBF. Их точно надо грохать