Проблема. 1с 8.1 загрузка данных из ЗУП в Бухгалтерию. Совпадение кодов контрагентов.

Смысл: уникальность контрагента в вашем учете, как физического или юридического лица. Все отношения с контрагентом просматриваются на раз. Вот и весь смысл.

"Не подскажите, что еще кроме контрагентов заменяется в Бухгалтерии при загрузке из ЗУП? К примеру платежные поручения, расходники. Если они уже существуют в Бухгалтерии, то они тоже будут изменены?

Теперь про штатную процедуру без введения префиксов.
Начальные условия:
- основные Контрагенты в бухгалтерии;
- основные платежные документы в бухгалтерии;
- ЗУП вспомогательная подсистема предназначена только для того, чтобы бухгалтера кроме расчетчиков зарплаты не видели фактической зарплаты у сотрудников.

Возможное решение.
1. Справочник контрагентов в ЗУПе закрыт для ввода новых/редактирования.
2. При необходжимости введения нового контраагента в ЗУПе, в Бухгалтерии вводится новый пустой контрагент "Из зарплаты", затем в ЗУПе вводится новый контрагент с кодом полученном из Бухгалтерии и реальными данными.
3. При переносе данных из ЗУПа в Бухгалтерию, данные контагента "из зарплаты" заменяются на реальные.
Правильно?"