?

"Ситуация:
...
РезультатЗапроса1 = Запрос1.Выполнить().Выгрузить();
РезультатЗапроса2 = РезультатЗапроса1.Скопировать();
РезультатЗапроса2.Сортировать("Студент Возр, ДатаКадровогоПриказа Убыв, Период Убыв");

//Итого: РезультатЗапроса2 - это РезультатЗапроса1, отсортированный по убыванию
...
ОтборПоСтуденту = Новый Структура("Студент",Студент);
Отбор1 = РезультатЗапроса1.НайтиСтроки(ОтборПоСтуденту);
Отбор2 = РезультатЗапроса2.НайтиСтроки(ОтборПоСтуденту);
...
Для Каждого Элем из Отбор2 Цикл
  Если Элем = Отбор1[0] Тогда
Предупреждение("Последняя строка Отбора2 = Первая строка Отбор1");
КонецЕсли;
КонецЦикла;

//В итоге условие равенства в цикле ни разу не выполняется...
//Как такое может быть?:("

Посмотрите в отладчике, что у вас где получается

> ("Последняя строка Отбора2 = Первая строка Отбор1")
Это как это у Вас строка одной ТЗ может равняться строке другой ТЗ? Вы что вообще сравниваете? И, собственно, какова смысловая нагрузка данного кода?