Ведомость по товарам на складах УТ 1С: 8.1

Как проверить что конечный остаток по одной позиции соответствует действительности. Что и где мне нужно сверить? Какие регистры или документы?

А что есть в Вашем понимании действительность?

Наша фирма недавно объединила 2 базы УТ 8.1. С тех пор постоянно какие-то проблемы. В отчете Ведомость по товарам на складах показывает по одной позиции остаток 5. А когда пытаешься зарезервировать товар или провести заказ, пишет, что 0.

1) Нужно внимательно посмотреть, что именно означает "остаток 0". Это может быть как просто остаток на складе, так и партионный, так и остаток по организации.
2) Для оценки свободных остатков используется отчет "Анализ доступности товаров на складах".