Создание отчета

Конфигурация у нас собственная, разработана для  компании.

Ну тогда как нам на форуме догадаться, что и какие таблицы связывать, чтобы получить результат?

Я понимаю, что это не просто, к сожалению конфигурация мне попалась вот такая уникальная. Но может всё таки Вы сможете мне помочь, задание очень нужно сделать.

Можете просто описать алгоритм Ваших действий или необходимые функции, а дальше я уже сам додумаю.

Вы хотите "лечить больного по телефону"?

Я хочу выполнить работу. Задание не должно быть сложным, если есть возможность помочь, то помогите, если нет, то нет!

В том виде котором вы "хотите" (я хочу!), не получится. Обращайтесь во франч.

А можете показать пример решения этой задачи в конфигурации "Торговля"?

Есть такая штука - консоль запросов (на диске ИТС найдете consquery.epf), очень полезная вещь для создания запросов и их отладки. Не зная вашей  конфигурации довольно сложно предложить конкретное решение. Про документ Основание ничего не извесно и описание у вас довольно смутное. Уж лучше бы привели схему связи документов, а то приходиться догадываться. В общем так:
Документ основания я обозвал ДокОснование. ДокОснование имеет табличную часть Товары с реквизитом Склад.
Документ ОрдерПриход имеет реквизиты шапки "Основание", и "Склад".
Тогда вот такой запрос должен удовлетворить всем вашим требованиям:
ВЫБРАТЬ
ОрдерПриход.Ссылка Как Приход,
Основание.Ссылка Как Основание,
ОрдерПриход.Склад Как ПриходСклад,
Основание.Склад Как ОснованиеСклад
ИЗ
Документ.ОрдерПриход Как ОрдерПриход
Левое Соединение Документ.ДокОснование.Товары как Основание
ПО ОрдерПриход.Основание = Основание.Ссылка
Где
ОрдерПриход.Склад <> Основание.Склад
Сгруппировать по
ОрдерПриход.Ссылка,
Основание.Ссылка,
ОрдерПриход.Склад,
Основание.Склад

И еще один вопрос: как измениться этот запрос если предположить, что в документе ДокОснование  Товары это не табличная часть, а реквизит?

"Правильно сформулированный вопрос содержит половину ответа".
Вопроса я не понял, а причем тут Товар, как реквизит?
Вот если Склад у вас не в табличной части, а в шапке документа, тогда просто стираете ".Товары" и все.