В ЗиУП 8.1 надо перевести внештатного сотрудника в штат

В ЗиУП 8.1 надо перевести внештатного сотрудника в основной штат. Какова последовательность действий. Просто трудовой договор поменять программа не дает.

Уволить. Для того же самого физлица внести нового сотрудника с трудовым договором по основному месту работы. Принять. Будет два сотрудника на одно физлицо. Не пугайтесь, так задумано, и это нормально.

получается, что мне надо уволить и расчитать компенсации за неиспользованный лтпуск, что не хотелось бы делать.

Технически - не хотите, не считайте. Принудительно никаких начислений компенсации создаваться не будет.

Но ведь остаток отпуска на нового сотрудника переноситься не будет. А также как быть с заполнением расчета по средней

Остаток отпуска можно занести вручную. А средний тут причем?

При расчете начислений например для командировки или для больничного придется заносить в ручную данные по зарплате за предыдущий год для расчета средней

приказа о приеме на работу будет вполне достаточно для целей регистрации начислений и сотрудника.

Меня больше интересует вопром, будут ли подтягиваться данные для вновь созданного сотрудника на основе старого физического лица данные о начислениях за прошедший год для расчета средней зарплаты или их придется вносить вручную.

За зачем создавать нового?
Уволите, а потом его-же примите.