Человек работает в двух подразделениях. Сделать так что бы Вычиты были только по одному.

По поводу премии. Проверь одну идею:
1. Зайди в документ, которым ты менял процент премии с середины месяца. Прямо оттуда нажми "лупу" напротив сотрудника, попадешь в каротчку сотрудника и у наименования нажми на стрелочку и поставь произвольное наименование, пусть это будет просто 1 в скобках. ОК не забудь сказать.
2. Заполни Начисление зарплаты двемя способами(с подразделением и без), обращая внимание на наличие/отсутствие единички в скобках.
По поводу сотрудников, у которых было кадровое перемещение. Даты сравни: с какого числа перемещение (наверняка на закладке Начисления эта премия стоит со старым процентом) и с какого числа меняешь процент.