Очевидно, что работать в Конфигураторе, в том числе и при заведении нового пользователя, надо в монопольном режиме. Если режим монопольный, надо посмотреть на сервере сеансы и открытые файлы, если у кого-то этот файл остался открытым, надо закрыть сеанс этого пользователя. При создании нового пользователя, надо ему определить каталог, в котором будут храниться его настройки, каталог лучше всего разместить внутри каталога ИБ