Обновление видоизмененной конфигурации

Вообще-то при обновлении конфы с включенной возможностью изменений, выходит окно как при сравнении и объединении. А там показано, какие объекты изменены вами, какие 1С, и флажки стоят. Сравниваете тексты и прочее, и принимаете решение - снимать флаг и вносить их изменения в свою конфу руками или проще свои изменения внести.
Я обычно обновления провожу с 2-мя открытыми конфигураторами - в одном уже обновление поставлено, но еще не записано и туда я вношу изменения, во втором только что сделанное сравнение, откуда я черпаю информацию - что и где надо изменить.
Все это проделывается на локальной машине (просто пустые конфигурации рабочей базы). А после того как все изменения внесены, сохраняется cf. Наконец на рабочей базе - ставиться обновление, а поверх сравнение/объединение с этим cf.