Как сделать так, чтобы налоги и взносы с ФОТ попадали в книгу доходов и расходов при УСН?

Да настройки правильные, учет во внешней программе и выгружать налоги и взносы.
Но когда я загружаю данные в БП в качестве документы попадает только "отражение з/пл в регламентированной учете", где имеются сведения и о з/пл и о налогах и взносах, отдельно документа по начислению страховых взносов не загружается.

должен ещё появляться документ ВВод доходов, НДФЛ и налогов(взносов)

Проверьте, что налоги приходят "принимаемые". Насколько я помню, там соответствующая колонка в документе отражение зп в учете.