Отчет Анализ НДФЛ выводит непонятные записи по сотрудникам

А вот если в вашем варианте поменять порядок группировок Ставка, а затем Физлицо и оставить отбор по Ставке налогообложения в группе ставок то кажись получается то что надо.Сейчас буду проверять внимательнее, если будет положительный результат - отпишусь.

>  но отчет получается километровый

 Саму структуру подбирайте как вам надо, главное, отбор в отчете

Да, действительно, если поставить отбор в структуре и перечислить все ставки, то пустые строки не выходят.