Слетела основание в счет фактуре выданное

Алексей ,
на скане у Вас договоры контрагентов, наименования которых были "Счет "...", а с каким- то "Основной договор"

Вопрос-то какой?

в том то и дело по поступлению денег (аванс) основание счет а как на фото выше все !

У Вас не основание слетело.
У вас всё выше означенного "имело" договор, который так и назывался "счет№...". У выделенного документа договор имеет название "основной". Колоночка то как называется? Договор! Всё, что Вы видите по этой колонке, это "названия" договор контрагентов. Почему один из договоров назван по другому принципу, вопрос совсем другой.
А основанием для документа "счет-фактура выданный" является либо документ реализации, либо поступление денег, например, на расчетный счет, в случае аванса.

Ну а где поменять префикс или поставить по умолчанию ? (счет№) или я не так что то понял ?

Ну или вот как бухгалтер описал проблему !!

1.       В документе счет-фактура выданный на аванс в закладке договор вместо счета, на основании которого выставляется счет-фактура указывается основной договор.( выгрузка некорректна)

Алексей , встаньте на счет-фактуру, нажмите кнопочку слева от скрепки она называется "связанные документы". Перед Вами откроется меню "с-ф"--- "поступление на р/счет" на основании, которого он создан, зайдите в "поступление на расчетный счет" и исправьте в нём "договор".