По новой методике с 2024 года налоговые уведомления проводок не формируют.
Проводки по использованию средств с ЕНС на конкретный налог формирует документ.
Для страховых взносов это документ Отражение зарплаты в бух.учете (Д 69.09 - К 68.90),
Для земельного налога - Регламентированная операция (Д 68.06 - К 68.90).
При расчете налога УСН программа не видит сумму оплаченных налогов этими документами.
Могу предположить что новая методика ЕНС работающая с 2024 года реализована не полностью.
Одни разработчки убрали формирование проводок по ЕНС по налоговым уведомлениям.
А другие разработчики, которые отвечают за базу УСН это не учли, проводки сформированные новыми документами в сумме уплаченных налогов для целей их включения в расходы корректно не учитываются.