скидка одной строкой

На время рекламной компании наша организация делает скидки на часть номенклатуры.

Подскажите, можно ли установить ее таким образом, чтобы сумма скидки высчитывалась автоматически отдельной строкой (как, например, НДС), при условии, что возможны различные комбинации номенклатуры товаров и услуг.

Конечно можно. В 1с все можно. Сделайте в таблице новую графу скидка (если % общий для всех товаров и компаний - тогда его как константу или глобальную переменную объявите, если разный, то в соответствующем справочнике внесите реквизит) и заносите (или печатайте) в него данные. А в поле Сумма установите вычет этого значения.

Если для всех товаров, тогда лучше сделать "Справочник.Скидки". В любое время можно поменять значение не лазя в конфигуратор, да и количество вариантов скидок будет любое.