НДС

Объясните, почему когда я провожу документ "Реализация" у меня НДС отражается с минусом (красным сторно). Написано "учтен вхдной НДС" и сумма НДС с минусом. Как сделать так, чтобы он отражался нормально?

Вы проследите всю цепь проводок и увидите, что программа все делает правильно. Это особенности программы. И вам тут ничего делать не надо.

Все равно ничего не могу понять с этим НДС. Допустим, когда товар поступает проводка по Д-т сч. НДС 335, когда реализация по К-т сч. НДС -335 (красным сторно), причем иногда эти суммы могут не совпадать.

Не задумывайтесь над этим. Если вы правильно ввели все первичные документы, а там д.б. все заполнено, тогда программа все сделает сама правильно. Если захотите проверить конечный результат, то сосчитайте сами вручную, для примера. И если совпадет, то успокойтесь. Повторяю, главное правильно заполнить первичные документы.