о книге продаж и налоговом учете

"1. При формировании книги продаж в случае обработки возврата от покупателя уже оплаченного товара  программисты забыли учесть,  что,  если у клиента есть еще неоплаченные счета-фактуры, то  освободившуюся (появивишуюся в связи с возвратом)  оплату  на счете 62.1 надо направить  на погашение задолженности по следующим счетам-фактурам (для расчета НДС в бюджет, имеется ввиду).Мы дорабатывали это сами.
2. В налоговом учете возникает разница в сравнении с бухгалтерским учетом при использовании счета 45.  При отгрузке на счет 45  документ формирует проводки на счет 45 и счет  Н02.04.1 по договорам; на  последнем счете условие поступления: "отгрузка без перехода права собственности". При реализации  с кредита счета 45 списание (формирование стоимости) проводится в разрезе договоров, а  при списании со счета Н02.04.1 формируется средняя себестоимость по номенклатуре на  дату документа без учета договора, а списание проводится по конкретному договору с условием поступления "за плату". Возникает разница в себестоимости. Каким образом порекомендуете нам поступать? Вообще-то мы используем налоговый учет и пользуемся автоматическим заполнением декларации на прибыль.
                                         С ув., Судакова"